Sejarah penubuhan JPS berputik di awal abad ke-20. Pada tahun 1913, telah ditubuhkan sebuah cawangan di dalam Jabatan Kerja Raya ( semasa itu disebut sebagai JKR) yang dinamakan Cawangan Taliair untuk menangani penyelidikan hidrologi. Cawangan ini dirombak pada tahun 1920, dan dinamakan setahun kemudiannya sebagai Cawangan Hidraulik, JKR. Bidang tugas Cawangan ini menjadi lebih meluas daripada sebelumnya, yang turut melibatkan kerja-kerja ukur dan penyelidikan dalam usaha pemeliharaan sungai.

Perbincangan tentang perlunya ditubuhkan sebuah jabatan berasingan untuk menjayakan kerja-kerja pengairan dan saliran bermula secara serius pada tahun 1930. Pada tahun yang sama, kerajaan membentuk "Jawatankuasa Penanaman Padi" yang bertujuan untuk memikirkan tentang "Apakah langkah-langkah terbaik yang patut diambil untuk menggalakkan penanaman padi di Tanah Melayu". Jawatankuasa tersebut menyerahkan laporan mereka pada tahun 1931 dan di dalam laporan tersebut dinyatakan "Bergantung penuh kepada padi import adalah punca bahaya" dan jesteru itu "beberapa langkah baru perlu diambil untuk meningkatkan keluasan penanaman padi yang diharap menjadi benteng terhadap kemungkinan berlakunya krisis akibat kekurangan makanan pada masa akan datang.

Salah satu saranan utama laporan "Jawatankuasa Penanaman Padi" ialah tentang perlunya menubuhkan sebuah agensi yang bertanggungkawab dengan masalah pembangunan air dan daratan, yang sebelum ini adalah tanggungjawab Unit Hidraulik, Jabatan Kerja Raya. Laporan tersebut membuahkan hasil pada tahun 1932 dengan terbentuknya satu jabatan baru yang dinamakan Jabatan Parit dan Taliair (JPT) yang mempunyai kuasa eksekutif di Negeri-negeri Melayu Bersekutu serta bersifat penasihat untuk Negeri-negeri Melayu Tidak Bersekutu.

Pada tahun-tahun awal penubuhannya, JPT beribu pejabat di Bangunan Suleiman, Kuala Lumpur. Pada tahun 1961 ia berpindah ke Bangunan JPS yang ada sekarang ini yang terletak di Jalan Sultan Salahuddin, Kuala Lumpur.

ERA PEMBANGUNAN

Tiga fungsi utama JPT, iaitu pengairan, saliran pertanian dan pemeliharaan sungai telah dilaksanakan selama empat empat dekad tanpa sebarang perubahan sehingga tahun 971 berikutan banjir yang banyak merosakkan harta benda di seluruh negara pada bulan Disember 1971. Berikutan dengan ini pencegahan banjir dan hidrologi telah disenaraikan sebagai fungsi tambahan Jabatan. dengan demikian, sejak tahun 1972, pencegahan banjir menjadi salah satu daripada tanggungjawab utama JPT dan dengan ini terbentuklah BAHAGIAN HIDROLOGI.

Pada tahun 1986 BAHAGIAN KEJURUTERAAN PANTAI ditubuhkan. Selain melaksanakan tanggungjawab  menjaga dan mengurus pantai sepanjang 4,800km, Bahagian ini juga mengumpul data tentang hakisan pantai sebagai usaha pengurusan dan pencegahan kerosakkan yang lebih mantap.

Pada 15 Mac 1989, Jabatan ini yang sebelumnya dikenali sebagai Jabatan Parit dan Taliair bertukar nama kepada Jabatan Pengairan dan Saliran. Penukaran nama tersebut dirasakan perlu berdasarkan penggunaan bahasa melayu yang betul, dan juga bagi mencerminkan tanggungjawab dan fungsi tambahan jabatan.

Pada tahun 1992, JPS melancarkan logo barunya.

1932 - 1989	1989 - 1992	1992 - hingga kini

Pada tahun 1990,ekoran daripada "Persidangan Sungai dan Pengurusan Sungai" yang diadakan pada tahun 1988, dan perbincangan berikutnya oleh Jawatankuasa Bertindak Khas dan Pengurusan, maka BAHAGIAN KEJURUTERAA SUNGAI ditubuhkan.

Tahun 2000 memperlihatkan perubahan yang ketara di dalam Jabatan. Bidang tugas utama dirombak semula untuk menggambarkan pentingnya air dalam sektor pertanian dan penghasilan makanan, keperluan untuk melindungi harta benda dan nyawa daripada ancaman air sungai dan laut, penggunaan air dalam meningkatkan kualiti persekitaran serta pengurusan air sebagai sumber negara. Penambahan tanggungjawab baru tersebut telah diagihkan kepada pelbagai bahagian.JPS masa kini terdiri daripada lima Bahagian utama iaitu :-

• Pengairan dan Saliran Pertanian

• Saliran dan Tebatan Banjir

• Kejuruteraan Sungai

• Kejuruteraan Pantai

Sebagai tambahan kepada lima bahagian utama, beberapa bahagian sokongan telah dibentuk, kebanyakkannya dalam tahun 1990an bagi membolehkan JPS menjayakan projek-projek seiring dengan pembangunan negara. Bahagian-bahagian sokongan ialah :-

• Pembangunan Korporat

• Khidmat Pakar

• Perkhidmatan Mekanikal

• Pembangunan Sumber Manusia

• Ukur Bahan

• Pentadbiran dan Kewangan

• Teknologi Maklumat

• Kualiti dan Produktiviti

• Hidrologi dan Sumber Air